El CI Politécnico de Estella cuenta con el sello de Centro Excelente, la máxima condecoración de calidad otorgada por el Departamento de Educación del Gobierno de Navarra. Este reconocimiento fue expedido por primera vez en el curso 2013-2014, siendo renovado posteriormente hasta el curso 2021-2022.
Con el sello de Centro Excelente se reconoce el compromiso adquirido por los centros con carácter voluntario con los estándares de calidad en los procesos relacionados con la matriculación, la planificación del comedor y del transporte, la acogida del alumno, la programación didáctica, así como la gestión de las personas y de los recursos, entre otros.